L’Institut d’Optique est considérablement affecté par la guerre. De nombreux anciens élèves d’alors sont mobilisés, une grande partie d’entre eux ayant l’âge requis et des compétences intéressant l’armée française.
Les activités de l’établissement sont d’abord stoppées à l’arrivée des Allemands dans la capitale en 1940. Une partie des activités des laboratoires est alors évacuée vers Saint-Cyr-Sur-Mer dans le Var, à l’hôtel des Palmiers, non loin de Marseille d’où Charles Fabry est originaire.
L’École reprendra ses activités avec beaucoup de difficultés dès la rentrée 1941 pour espérer diplômer des étudiants en 1942. La durée des études passe à deux ans cette même année. Les archives témoignent de grande difficulté logistique, l’école étant en zone occupée alors que le directeur Fabry est en zone libre : il faut alors pouvoir fournir de nombreux laissez-passer aux étudiants de zone libre souhaitant se rendre en zone occupée. Fabry, grand patriote, vivra son isolement sur la côté méditerranéenne comme une épreuve qui affectera terriblement sa santé alors déclinante.